La colonoscopia se realiza para examinar la totalidad del colon. El colonoscopio flexible explora el colon hasta la unión con el intestino delgado (válvula ileocecal). A veces, el colonoscopio se introduce en la parte final del intestino delgado (ileoscopía distal). Tarda aproximadamente 20 a 30 minutos realizar el procedimiento.

La colonoscopia se realiza para estudiar síntomas, tales como, cambios en el hábito intestinal, sangrado (visible en las deposiciones o un test de sangre oculta positivo), diarrea y el control de pólipos resecados en procedimientos anteriores. Además se utiliza como prevención del cáncer colorrectal en pacientes mayores de 45 años o en aquellos con antecedentes familiares.